Rurikoviç klanından ilk Rus Çar, Boris Godunov, 13 Nisan 1605'te 53 yaşında öldü. Ölümü sırlara karışmış durumda ve bugüne kadar tarihçiler ölümünün doğal mı yoksa şiddetli mi olduğunu tartışıyorlar.
Yıllık belgeler Godunov'un ölüm gününde sağlıklı göründüğünü, büyük bir iştahla dindiği ve Moskova'yı araştırmaktan hoşlandığı kuleye tırmandığını gösteriyor. Sonra hasta hissederek ondan indi. Çar'a çağrılan doktor hiçbir şey yapamadı, çar kulaklarından ve burnundan kan aktı ve yakında Godunov gitti.
Rus otokratının mahkemesinde olan İngiliz büyükelçisi Thomas Smith'in temsilcilerinden biri olarak, Çar, midesinde mide bulantısı ve ağrı dışında hissetti ve doktor gelmeden öldü.
Boris Godunov'un ani ölümü, midede ağrı, kralın zehirlendiğinden şüphelenmek için sebep verir. Ölümü, her şeyden önce, birlikleri Moskova'ya o zaman yaklaşan Yanlış Dmitry I'in yandaşlarına faydalıydı.
Halk arasında halkın, halktaki popülaritesinden, ülkedeki kıtlıktan ve Polonyalılar tarafından işgal edilmesinden kaynaklanan umutsuzluk yüzünden zehirlendiğine dair bir söylenti de vardı.
Boris'in doğasını, karakterini, her şeye hazır olduğu yüce iktidar arzusunu bilerek (Korkunç İvan'ı zehirlemekle suçlandı, IV. Ivan oğlu Tsarevich Dmitry'nin öldürülmesi) ve Fedor Ivanovich yönetiminde Rusya'nın gerçek hükümdarı olarak başardığı Godunov'un intihar versiyonundan şüphe ediyor. Rus halkı, çar hakkındaki görüşleri, büyük olasılıkla otokrat için kayıtsızdı. Polonyalıların ülke çapında ilerlemesi de çarı korkutmadı, çünkü Rus tarihinde daha kötü zamanlar vardı, örneğin, Moğol Tatarlarının Rusya'daki işgalini hatırlayın.
Godunov'un son zamanlarda hastalandığını ve ölümünün otokratın uzun bir hastalığının sonucu olabileceğini unutmamalıyız.